बहमनी राजवटीनंतर दख्खनमधली राजकीय स्थिरता जाऊन तिथे अराजकासारखी परिस्थिती निर्माण झाली. त्यातून तयार झालेल्या पाच शाह्या सततच आपापसात किंवा मुघलांशी लढण्यात दंग असत. स्थानिक जनतेसाठी हा काळ फार क्लेशदायक होता. मुघलही दख्खनमध्ये त्यांचा प्रभाव वाढवण्याचा सतत प्रयत्न करत होते व त्यासाठी नवनवीन मोहिमाही आखत होते. ह्या सततच्या मोहिमांमध्ये गावं व शेतं नष्ट होत होती, गुरंढोरं पळवली जात होती, गावातील पुरुष व स्त्रियांना गुलाम बनवले जात होते व राज्याची संपूर्ण अर्थव्यवस्था मोडकळीस आली होती. उरलेसुरले सगळे दुष्काळासारख्या नैसर्गिक आपत्तीमुळे संपुष्टात येत होते.

सन १६३० च्या भयंकर दुष्काळाचे अनेक तत्कालीन वृतांत नोंदविले गेले आहेत. शाहजीने संपुष्टात येणाऱ्या निजामशाहीला टिकविण्याचा अटोकाट प्रयत्न केला पण त्याला पुरेसे पाठबळ मिळाले नाही. निजामशाहीच्या अंतानंतर शाहजीने आदिलशाहीची वाट धरली व त्याला दक्षिणेकडे जावे लागले. त्याच्या अत्यंत विश्वासातील दादाजी कोंडदेव वर त्याने जाहगिरीचा कारभार सोपविला. दादाजीच्या शिस्तबद्ध पण लोकहिताभिमुख कारभाराने पुणे प्रांतास चांगले दिवस दिसायला लागले. लहानपणी शिवाजीने दादाजीचे प्रशासन व कार्यपद्धती अगदी जवळून पहिली असणार. दादाजीच्या मृत्यूनंतर शिवाजीच्या पत्रांतून त्याबद्दलचा आदर स्पष्टपणे दिसतो.

सन १६४७ च्या सुमारास, दादाजीच्या मृत्यूनंतर शाहजीच्या जाहगिरीचा सगळा कारभार शिवाजीच्या खांद्यांवर आला. त्याच्या प्रभावी व्यक्तिमत्वामुळे सर्वसामान्य लोकांबरोबर त्याचे जिव्हाळ्याचे व आदराचे नाते निर्माण झाले. त्याला कान्होजी जेधे नाईक, बाजी पासलकर, नीळकंठराव पुरंदरे इत्यादी अनुभवी मंडळींचाही पूर्ण पाठिंबा मिळाला. त्या सगळ्यांनी मिळून पुण्याजवळच्या महत्त्वाच्या किल्ल्यांवर व भागांवर नियंत्रण मिळवायला सुरूवात केली. जावळीच्या भयंकर अरण्यात आक्रमण करण्याचे धाडस कोणी करत नसे. शिवाजीने त्याचे सर्व चातुर्य आणि बळ पणाला लावले व चंद्रराव मोरेला मारून जावळी जिंकली.

शिवाजीने जावळी घेतल्यानंतर पश्चिमेकडचा कोकणापर्यंतचा भाग व उत्तरेकडे माहुलीपर्यंतच्या भागावर लक्ष घातले. निजामशाहीकडे असलेला भाग त्याच्या नजरेखाली होता कारण अजून त्यावर म्हणावी तशी मुघल किंवा आदिलशाही सत्ता स्थिरावली नव्हती. कोकण हे भौगोलिक दृष्ट्या वेगळे असल्यामुळे त्यावर मुघल किंवा आदिलशाहीचे मोठे सैन्य चालून जाणे अवघड होते. शिवाजीने पुण्याच्या पश्चिमेकडील कोकण भागातले बरेचसे किल्ले जिंकून घेतले. दोन वर्षाच्या कालावधीत त्याच्या हाताखालचा मुलूख दुपटीने वाढला. मग त्याने मराठा आरमाराची सुरूवात करून प्रथमच पश्चिमी समुद्रावर सत्ता प्रस्थापित करण्याकडे लक्ष दिले.

त्याच्या जाहगिरी बाहेर असलेली जावळी, कल्याण-भिवंडी व कोकण घेऊन शिवाजीने एकप्रकारे मुघल व आदिलशाही सत्तेला आव्हान दिले होते. त्यावेळी औरंगजेब उत्तरेच्या राजकारणात गुंतला होता. शिवाजीच्या कारवायांवर पायबंद घालण्यासाठी आदिलशाहीने अफजलखान नावाच्या एक पराक्रमी पण अत्यंत क्रूर अशा सरदाराची नेमणूक केली. दहा हजाराचे सैन्य घेऊन तो विजापूरहून निघाला व आणखी काही हजाराचे सैन्य त्याला पुढे मिळणार होते. शिवाजीने अत्यंत हुशारीने खेळी करत त्याला प्रतापगडावर भेटायला बोलावले. आदिलशाहीचे सगळे सैन्य, दारूगोळा, हत्यारे, जडजवाहीर व इतर मौल्यवान वस्तु अलगदपणे शिवाजीच्या हातात पडल्या. अफजलखानाचा वध झाला.

अफजलखानाच्या वधानंतर शिवाजीने आदिलशाहीवर तिहेरी आक्रमण केले. सिद्दी जोहरने आदिलशाहीकडून तर शाहिस्तेखानने मुघलांकडून शिवाजीवर प्रत्याक्रमण केले. ह्या दोन्ही सैन्यांना वेगळे ठेवणे शिवाजीसाठी अत्यंत महत्त्वाचे होते. त्यामुळे सिद्दीला रोखण्यासाठी शिवाजी पन्हाळ्यावरच थांबला. ह्या प्रलंबित वेढ्यातून फक्त ६०० जणांनिशी अमावास्येच्या रात्री तो निसटला व विशाळगडाकडे गेला. शाहिस्तेखान तोवर पुण्यात छावणी टाकून बसला होता व त्याचा प्रत्येक दिवस स्वराज्याला आर्थिक दृष्ट्या दुर्बल करत होता. पण इतक्या मोठ्या मुघल सैन्याशी थेट दोन हात करणे शिवाजीला शक्य नव्हते.

शाहिस्तेखानच्या मुघली आक्रमणाला सामोरे जाताना शिवाजीने कोकणावर आपले सार्वभौमत्व सिद्ध केले. कोकणात उतरण्याचा प्रयत्न करणाऱ्या कार्तलबखानला त्याने नुसते पराभूत केले नाही तर त्याच्याकडील सर्व मालमत्ता व युद्धसामग्री काढून घेऊन फक्त अंगातील वस्त्रांनिशी त्यांना परत पाठवले. नंतर त्याने चिपळूणला परशुरामाचे दर्शन घेतले, श्रृंगारपूर जिंकले व राजापूरच्या इंग्रजांना जेरबंद केले. त्याच्या सरदारांनी जमेल तिथे मुघल सैन्याचा पराभव केला. एक लक्ष सेना बाळगूनही मुघलांना हवे तसे फळ मिळत नव्हते. पण मुघलांच्या उपस्थितीमुळे प्रचंड आर्थिक नुकसान होत होते. त्याबद्दल काहीतरी उपाय करणे अपरिहार्य होते.

नामदारखान व त्यासारख्या काही मुघल सरदारांचा पराभव केला तरी शिवाजीला संपूर्ण मुघल सैन्यावर आक्रमण करणे अशक्य होते. पण राज्याच्या हितासाठी शाहिस्तेखानाचा काहीतरी बंदोबस्त करणेही क्रमप्राप्त होते. त्यासाठी त्याला काहीतरी अतर्क्य उपाय करावा लागणार होता. त्याने मुठभर लोकांना बरोबर घेऊन सरळ शाहिस्तेखानावरच हल्ला करायचा बेत केला. ह्या बेताची उत्तम तयारी झाली व तशीच अंमलबजावणीही केली गेली. शाहिस्तेखानच्या चार बोटांबरोबर त्याचा सगळा गर्वही धुळीस मिळाला. त्याने दोन दिवसांनी पुणे सोडून औरंगाबादेकडे धूम ठोकली. ह्यानंतर काही महिन्यातच शिवाजीने आणखी एका धाडसी आक्रमणाची तयारी केली, मुघली सत्तेचा मुकुटमणी असलेल्या सुरतेवर स्वारी.

तीन वर्ष मुघलांनी शिवाजीच्या स्वराज्यात विध्वंस मांडला होता. त्यामुळे प्रांताची वाताहत झाली होती व अर्थव्यवस्था पूर्णपणे कोलमडली होती. मुघलांकडून त्याची परतफेड करून घेणे भाग होते. सुरत बंदर अतिशय श्रीमंत तर होतेच पण त्याला पुरेसे संरक्षण नव्हते. शिवाजीने त्यावर आक्रमण करून स्वराज्याचे नुकसान भरून काढले. ह्या अनपेक्षित व धाडसी हल्ल्यामुळे शहनशाह औरंगजेबच्या नाकाला मिरच्या झोंबल्या. त्याने त्याच्याकडील ब्रह्मास्त्र शिवाजीवर सोडायचे ठरविले, मिर्झा राजे जयसिंह. तोवर शिवाजीने सिंधुदुर्गाचे बांधकाम सुरू केले, तसेच हुबळी व वेंगुर्ले जिंकले.

वर्षाच्या सुरूवातीला शिवाजीने बसरूरवर त्याची पहिली नाविक मोहिम पूर्ण केली. तत्कालीन राजांमध्ये तो एकमेव होता ज्याला नौदलाचे महत्त्व कळले होते. तोवर जयसिंह त्याच्या मोहिमेची तयारी करत होता. तो युद्धशास्त्रनिपुण तर होताच पण एक असामान्य योद्धा व कसलेला सेनानी होता. पुरंदरला येताच त्याने सर्व गावे बेचिराख करून जे काही मिळेल ते हस्तगत करायचा घाट घातला. पुरंदर दिलेरखानच्या आक्रमणाला तोंड देत उभा होता. इतक्या मोठ्या सैन्यबळाशी उघड युद्ध करायचा पर्याय शिवाजीकडे नव्हता. शेवटी त्याने तह करायचे ठरविले व जयसिंहच्या छावणीत दाखल झाला. शिवाजीसाठी हा तह अत्यंत अवघड होता.

जयसिंहच्या आग्रहामुळे शिवाजीने आग्राभेटीचा निर्णय घेतला खरा पण औरंगजेबशी पहिल्या भेटीतच त्याचे खटके उडाले. तिथे त्याचे अपेक्षित असे स्वागत तर झाले नाहीच उलट त्याच्या सरदारांना अनेकदा पाठ दाखवलेल्या मुघल सरदारांच्या मागे त्याला उभे करण्यात आले. ह्या अपमानास्पद वागणुकीमुळे संतप्त झालेल्या शिवाजीने त्याचा राग उघडपणे व्यक्त केला. काही दिवसांनी त्याला नजरकैदेत ठेवले गेले. तिथून निसटायलाच पाहिजे हे शिवाजीला कळून चुकले व त्याने गुप्तपणे तशी तयारीही सुरू केली. आग्र्याहून त्याचे पलायन ही औरंगजेबासाठी इतकी नामुष्कीची गोष्ट होती की चाळीस वर्षांनंतर त्याने स्वतःच्या मृत्यूपत्रात ते नमूद केले आहे.

आग्र्याहून परतल्यावर शिवाजीने लगेच काही आक्रमणे न करता मुघलांशी सामंजस्य ठेवत स्वराज्याची घडी पुन्हा बसवली. मग आदिलशाही विरुद्ध मोर्चा उघडत रांगणा किल्ला जिंकला. नंतर त्याने गोव्याला बारदेशावर स्वारी केली व सप्तकोटेश्वर देवालयाचा जीर्णोद्धार केला. तेव्हा उत्तरेत औरंगजेबाने मंदिरे उध्वस्त करण्याचा आदेश दिला होता. औरंगजेबाने मुघल छावणीत असलेल्या निराजी व प्रतापरावालाही बंदी बनवायचा प्रयत्न केला. ह्यानंतर शिवाजीने मुघलांचा तह मोडीत काढला व त्यांच्या विरुद्ध आक्रमणे सुरू केली. सुरत दुसऱ्यांदा लुटली, दिडोरीला मुघलांचा सपाटून पराभव केला व मुघलांकडचे महत्त्वाचे व्यापारी शहर कारंजा, येथील संपत्ती आपलीशी केली.

सन १६७० नंतर शिवाजीने मुघल व आदिलशाहीवर हल्ले चढवले. त्याने केवळ तहात गेलेले प्रांत जिंकले नाहीत तर बागलाण, जव्हार, रामनगर सारखे नवीन भागही स्वराज्यात आणले. साल्हेर व मुल्हेरचे बलाढ्य किल्ले स्वराज्यात आले. इथल्या पराभवाने व शिवाजीच्या सैन्याच्या पराक्रमामुळे औरंजेबाचा तिळपापड झाला होता. आदिलशाही सैन्याला सर्व ठिकाणी पळावे लागत होते पण शिवाजीला तोंड देऊ शकेल असे कोणीही त्यांच्याकडे उरले नव्हते. ह्याच काळात रामदास स्वामींनी शिवाजीच्या कार्याचे भरभरून कौतुक करणारे पत्र लिहिले. रायगडावर उत्साहपूर्ण वातावरणात शिवाजीच्या राज्याभिषेकाची तयारी चालू झाली होती.

मुघल व आदिलशाही पासून स्वराज्याचे सुयोग्य संरक्षण केल्यावर शिवाजीने स्वतःचा राज्याभिषेक करायचे ठरविले. विजयनगरच्या साम्राज्यानंतर प्रथमच एक हिंदू सार्वभौम राजा छत्रपती होणार होता. तत्कालीन मुसलमानी राजवटींना सरळपणे छेद देणारी ही घटना होती. त्याचे महत्त्व इतके होते की, काही पुसटते उल्लेख वगळता, मुसलमानी दरबारांत ह्याची कुठे नोंद ठेवलेली दिसत नाही. आदिलशाही व मुघल दरबारातही ह्याची नोंद मिळत नाही. राज्याभिषेकानंतर काही दिवसातच जिजाबाईचे वृधापकालाने निधन झाले व रायगडावर शोक पसरला. नंतर शिवाजीने मुघल व आदिलशाही विरुद्ध त्याची मोहिम चालू ठेवली व खांदेशावर स्वारी केली.

शिवाजीच्या राज्याभिषेकानंतर रायगडावर कौटुंबिक कलहाच्या काही गोष्टी झाल्या ज्यामुळे संभाजी दुरावला गेला. शिवाजी मात्र उत्तरेत मुघलांशी लढत होता, दक्षिणेत अंकोला, शिवेश्वर, कद्रा, कारवार इत्यादी घेत होता. जंजिरा जिंकण्याचाही प्रयत्न मराठे करत होते पण यश मिळत नव्हते. तोवर बळजबरीने इस्लाम स्विकारावा लागलेला नेताजी पालकर रायगडावर परतला. शिवाजीने त्याला पुन्हा हिंदु धर्मात घेतले. त्या काळासाठी हे अत्यंत क्रांतीकारी पाऊल होते. शिवाजी दक्षिणेकडे जायला निघाला तेव्हा त्याने संभाजीला रायगडापासून दूर, प्रभावळीचा कारभार पाहायला पाठवले.

शिवाजीचा दक्षिणदिग्विजय पूर्णपणे यशस्वी झाला होता. त्याच्या हाताखालचा मुलुख दुपटीने वाढलाच पण त्याच्याकडे जिंजी, कोप्पळ, तोरदळ सारखे अनेक किल्लेही आले. त्याचवेळी मुघलांनी मात्र आदिलशाहीला जेरीस आणत नळदुर्ग व गुलबर्ग्यासारखे महत्त्वाचे किल्ले जिंकले होते. शिवाजी व व्यंकोजीची भेट व त्यांच्यातल्या पत्रांतून आपल्याला शिवाजीच्या व्यक्तिमत्वातील एका द्रष्ट्याचे दर्शन होते. ह्या मोहिमेत शिवाजीने वलंदेजी वकीलाला गुलामांच्या व्यापारावर त्याच्या राज्यात बंदी असल्याचे ही सांगितले. ह्यानंतर सुमारे १५० वर्षांनी इंग्लंडमध्ये गुलामांवर बंदी आली. शिवाजी रायगडी परतल्यानंतर काही महिन्यांत एक आघात झाला, संभाजी मुघलांना मिळाला.

शिवाजीला सागरी सुरक्षा अत्यंत महत्त्वाची होती आणि त्यासाठी त्याने मायनाक भंडारीला नेमले होते. मायनाक ने इंग्रजांच्या व सिद्दीच्या तोफांच्या माऱ्यात खांदेरीचे बांधकाम पूर्ण केले व किल्ला राखला. मराठी आरमारासाठी हा प्रचंड मोठा विजय होता. तोवर संभाजीला कळून चुकले की मुघलांकडे त्याच्या पदरी अपमान व नामुष्कीच पडेल त्यामुळे तो तिथून माघारी फिरला. उत्तरेत जोधपुरात मंदिरे पाडली जात होती व औरंगजेबने मुसलमानेतरांवर जिझिया कर लादला होता. राजारामाचे लग्न लावून देऊन शिवाजीने त्याचे शेवटचे प्रापंचिक कार्य पार पाडले. त्यानंतर काही दिवसातच, त्याच्या मुलांच्या व मंत्र्यांच्या हातात एक प्रबळ राज्य देऊन हा अद्वितीय छत्रपती परलोकी गेला. भारतीय इतिहासातील एका सोनेरी पर्वाचा शेवट झाला.